С сентября 2009 года по февраль 2010 года — советник Министра юстиции РФ.

С февраля 2010 года по март 2011 года — директор Департамента по вопросам правовой помощи и взаимодействия с судебной системой Министерства юстиции РФ.

С марта 2011 года по июнь 2012 года — советник Министра юстиции РФ, уполномоченный представитель Минюста России в Конституционном суде Российской Федерации.

С июня 2012 по июль 2015 года занимала должность заместителя Министра юстиции Российской Федерации. Во время работы в Минюсте России Е.А. Борисенко курировала вопросы развития юридической профессии, правовой помощи pro bono, адвокатуры, нотариата, судебной экспертизы, а также совершенствования законодательства в сфере арбитража.

В качестве заместителя Председателя Правления Е.А. Борисенко курирует вопросы управления правовыми рисками Газпромбанка и группы компаний Газпромбанк.

7 сентября 2020 года решением Правления АЮР была создана Комиссия по целям устойчивого развития (ESG), где Е.А. Борисенко Председатель Комиссии Ассоциации юристов России по целям устойчивого развития (ESG), член Президиума Ассоциации юристов России.